ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 มาตรา 11 กำหนดให้กระทรวงการคลัง มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้
- สำนักงานรัฐมนตรี
- สำนักงานปลัดกระทรวง
- กรมธนารักษ์
- กรมบัญชีกลาง
- กรมศุลกากร
- กรมสรรพสามิต
- กรมสรรพากร
- สำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ
- สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ
- สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง
ต่อมา นายกรัฐมนตรีได้ออกกฎกระทรวงว่าด้วย กลุ่มภารกิจ พ.ศ. 2545 โดยอาศัยอำนาจตามความ ในมาตรา 21 วรรคสาม และวรรคหก แห่งพระราช บัญญัติระเบียบบริหารราชการ แผ่นดิน พ.ศ. 2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหาร ราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 ข้อ 4 กำหนด ให้กระทรวงการคลังมีกลุ่มภารกิจ ดังนี้
กลุ่มภารกิจด้านทรัพย์สิน
1. กรมธนารักษ์
2. สำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ
กลุ่มภารกิจด้านรายได้
1. กรมศุลกากร
2. กรมสรรพสามิต
3. กรมสรรพากร
กลุ่มภารกิจด้านรายจ่ายและหนี้สิน
1. กรมบัญชีกลาง
2. สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ
